1) Đầu mối tổng hợp, xây dựng và đề xuất với Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ chương trình làm việc và kế hoạch công tác của Đoàn đàm phán Chính phủ và Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ; kế hoạch tổ chức các đoàn công tác tham gia các phiên đàm phán; đề xuất và tổ chức các cuộc họp theo định kỳ, theo chuyên đề của Đoàn đàm phán Chính phủ; đầu mối giúp Trưởng đoàn về công tác tổ chức, quản lý kinh phí hoạt động để thực hiện kế hoạch công tác của Đoàn đàm phán Chính phủ;

2) Đầu mối đôn đốc việc thực hiện các chỉ đạo, kết luận của Trưởng đoàn đàm phán tới các thành viên đoàn đàm phán và các cơ quan liên quan;

3) Tổ chức và tham gia công tác nghiên cứu, đề xuất, tham mưu, tư vấn cho Lãnh đạo Văn phòng các chủ trương và định hướng đàm phán hội nhập kinh tế quốc tế chung để làm cơ sở cho việc xây dựng phương án đàm phán của các Bộ, ngành;

4) Theo dõi và tham mưu cho Lãnh đạo Văn phòng trong việc xử lý các vấn đề liên quan đến hoạt động Việt Nam tham gia WTO, tham gia và thực hiện các hiệp định thương mại tự do.

5) Trực tiếp đảm nhiệm các nhiệm vụ tham gia các đoàn đàm phán, công tác tổ chức đoàn, hậu cần, công tác thư ký tổng hợp đối với các cuộc đàm phán và các nhiệm vụ liên quan theo phân công của Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ; trực tiếp hoặc phối hợp, hỗ trợ việc thực hiện các hoạt động, thủ tục cần thiết để tổ chức các phiên đàm phán trong và ngoài nước;

6) Đầu mối điều phối chung của Đoàn đàm phán Chính phủ đối với các nhóm, đoàn đàm phán các hiệp định; phối hợp với các đơn vị liên quan, tổng hợp kết quả công tác đàm phán, xây dựng báo cáo định kỳ và đột xuất theo yêu cầu của Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ;

7) Đầu mối đảm nhiệm nhiệm vụ giúp Đoàn đàm phán Chính phủ và Ban chỉ đạo phối hợp các Bộ, ngành và địa phương trong việc phổ biến nội dung các hiệp định được đàm phán và ký kết; phối hợp, theo dõi, đôn đốc các Bộ, ngành, địa phương, tổ chức và doanh nghiệp thực thi cam kết của các hiệp định.

8) Đầu mối xử lý, lưu trữ và luân chuyển tài liệu, văn bản liên quan tới các phiên đàm phán và hoạt động của Đoàn đàm phán Chính phủ, công tác hành chính quản trị của Đoàn đàm phán Chính phủ;

9) Đầu mối tổ chức thực hiện công tác tham vấn cộng đồng doanh nghiệp về các thỏa thuận kinh tế - thương mại quốc tế phục vụ công tác đàm phán; tổ chức cung cấp thông tin trong phạm vi trách nhiệm của Đoàn đàm phán và do Trưởng Đoàn phân công.

10) Thực hiện các nhiệm vụ khác do Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ và Chánh Văn phòng giao.